System plików, z którego będzie korzystać UML można pobrać ze strony domowej projektu: http://user-mode-linux.sourceforge.net/dl-sf.html Wymieniona strona zawiera szereg różnych systemów plików. Systemy te różnią się zarówno rozmiarem - a co za tym idzie bogactwem dostępnych programów użytkowych - jak również dystrybucjami z jakich pochodzą.
System plików można również stworzyć samodzielne. Możliwość samodzielnego stworzenie systemu plików jest cechą bardzo przydatną, gdyż pozwala dostosować kreowaną wirtualną maszynę do indywidualnych potrzeb i wymagań.