W Ext2FS występuje teoretyczna możliwość kompresji plików - istnieje kilka wartości, które mogą być przypisane znacznikowi i_flags i-węzła z Ext2 - struktura ext2_inode i które świadczą o jego obsłudze w formie skompresowanej (EXT2_COMPR_FL - kompresowanie pliku, EXT2_COMPRBLK_FL - jeden lub więcej kompresowanych klasterów, EXT2_NOCOMP_FL - nie kompresować, EXT2_ECOMPR_FL - błąd kompresji). Chodzi tu oczywiście o kompresję przezroczystą (niewidoczną) dla użytkownika. W standardowej implementacji Ext2FS nie oferuje jednak możliwości kompresji plików - jest ona dostępna w łatach zawartych w pakiecie e2compr, które są dostępne od 1997 roku. Niestety Ext3FS w ogóle nie oferuje wsparcia dla przezroczystej kompresji plików, więc nawet nie można wykorzystać wyżej wymienionej łatki.