Struktura partycji FAT:
Partycja FAT rozpoczyna się zawsze boot sectorem, który znajduje się w pierwszym logicznym sektorze dysku. Boot sector i następujące po nim sektory aż do File Allocation Table są zarezerwowane przez system. W FAT32 jest ich 32, w FAT16 i FAT12 tylko jeden.
File Allocation Table (w skrócie FAT, stąd nazwa systemu plików) jest tablicą
zawierającą dane o wszystkich klastrach na dysku. Każdy klaster jest w niej
reprezentowany przez n-bitową liczbę naturalną (gdzie n - liczba w nazwie
systemu plików, eg. dla FAT12 n=12.).
Zazwyczaj na dysku znajdują się dwie kopie FAT (może być ich więcej).
W systemach plików FAT12 i FAT16 katalog główny był strukturą specjalną, o stałym rozmiarze i znajdował się bezpośrednio za tablicą FAT. W FAT32 jest on już zwyczajnym katalogiem i może się znajdować w dowolnym miejscu na dysku.