Struktura sytemu plików NTFS może być niemal dowolna. Zazwyczaj partycja
w NTFS wygląda tak:
Boot Sector jest jedyną strukturą, która ma ustalone położenie na partycji NTFS - znajduje się w pierwszym sektorze dysku. System NTFS przechowuje także, na samym końcu dysku, ukrytą kopię Boot Sectora.
Obszar metadanych zawiera pliki systemowe patrycji NTFS. Zazwyczaj blok metadanych na początku dysku zawiera jedynie MFT (Master File Table), zaś blok w środku - pozostałe pliki, w szczególności kopią zapasową pierwszych czterech rekordów MFT.