Wirusy w systemie Windows

Windows 9x

Systemy Windows 95, 98, Me dziedziczą większość wad występujących w DOS-ie. Dodatkowo Microsoft Office umożliwia tworzenie makrowirusów.
Większość wirusów DOS-owych może infekować także programy działające pod Windows 9x. W przypadku plików NewExe ich działanie może jednak powodować uszkodzenie kodu nosiciela.
Algorytm infekowania plików wykonywalnych jest analogiczny z algorytmami wirusów DOS-owych.

W systemie Windows NT skuteczna działalność wirusów jest ograniczona praktycznie tylko do makrowirusów.
W Windows NT są prawa dostępów do plików (utrudnia to infekowanie plików).
Wirusy DOS-owe mogą zarażać pliki pod Windows NT (jeśli mają prawa dostępu), jednak w przypadku plików PeExe może wystąpić ten sam problem co z plikami NewExe.