Dysk NTFS jest zorganizowany zupełnie inaczej - na początek nie istnieje coś takiego, jak jakieś dane w dziwnych miejscach na dysku - wszystko trzymane jest w plikach. Z powodu swoich korzeni - a konkretnie wywodzenia się z systemu plików FAT - wszystkie informacje o plikach są trzymane w tablicy. Wcześniej nazywała się ona File Allocation Table, teraz nazywa się Master File Table (MFT). Co więcej Microsoft chwali się, że MFT już nie jest tablicą, a relacyjną bazą danych - ile w tym prawdy nie da się niestety sprawdzić.

Warto uświadomić sobie jeden fakt - wszystko jest plikiem, co znaczy, że MFT też. Informacje o wszystkich plikach znajdują się w MFT - czyli MFT trzyma też informacje o MFT. MFT znajduje się na początku dysku. Żeby zapobiegać fragmentacji, system plików rezerwuje pewną część dysku - domyślnie 12,5%, ale możliwe jest zwiększenie tego obszaru nawet do 50%. Nie jest tak, że ten obszar jest stracony dla danych - po prostu system będzie go zajmował w ostatniej kolejności. Efekt jest taki, że co prawda nie zapobiega to zupełnie fragmentacji, ale zdecydowanie odwleka ją w czasie.

Kopia zapasowa najważniejszych wpisów w MFT znajduje się w logicznym środku woluminu. Cała reszta dysku jest przeznaczona na pliki - wszystkie inne metadane też są trzymane w plikach, ale już nie mają ustalonego miejsca na dysku. Wszystkie metapliki poza MFT zajmują ok. 16KB, a pojedynczy wpis w MFT zajmuje stałą liczbę klastrów - ustalaną przy formatowaniu dysku (zazwyczaj 1).

Figure 3.2. Schemat struktury dysku w NTFS