W systemie plików ext3 nie istnieje wbudowane narzędzie do szyfrowania danych (zwłaszcza w formie przezroczystej dla użytkownika). Istnieje za to wiele łatek (jak choćby: CFS, TCSF, CryptFS, BestCrypt i inne), które pozwalają na wiele możliwości w zakresie szyfrowania danych. Ponieważ jednak nie są one wbudowane w sam system plików ext3, to nie będziemy ich w tym miejscu omawiać.

Z kolei NTFS udostępnia bardzo szerokie wbudowane możliwości, jeżeli chodzi o szyfrowanie plików. Szyfrowanie jest przezroczyste (niewidoczne) dla użytkownika i odbywa się z wykorzystaniem EFS (Encrypting File System). W Windowsie 2000 EFS jest zaimplementowane jako sterownik urządzenia działający w trybie jądra i ściśle związany ze sterownikiem NTFS, a w Windowsie XP i 2003 Server jest on po prostu połączony ze sterownikiem NTFS-a.