W przypadku, kiedy system ma wsparcie dla SMP, a nie ma specjalnego wsparcia dla hiperwątkowości, możliwe jest bardzo nieoptymalne działanie. Załóżmy, że mamy dwa fizyczne procesory z hiperwątkowością. System widzi cztery procesory logiczne. Teraz, jeśli w systemie pracują dwa procesy, może się zdarzyć tak, że system przydzieli ich wykonywanie do procesorów P1.1 i P1.2. W takiej sytuacji, zamiast 20% przyspieszenia otrzymujemy dwukrotny spadek wydajności (jeden fizyczny procesor jest nieużywany).
(hiperwątkowość w Linuksie: http://www.kernel-traffic.org/kernel-traffic/topics/Hyperthreading.html)