Przejście z systemu 32- na 64-bitowy nie zawsze odbywa się bezproblemowo. Występuje szereg problemów, które mogą się przytrafić przy tej operacji. Najpoważniejszym jest brak wielu sterowników, stąd często np. stary skaner staje się bezużyteczny po przejściu na 64 bity. Potrzebne są też 64-bitowe wersje aplikacji i choć wiele programów istnieje w wersji 64-bitowej, nadal występują problemy z niektórymi z nich, m.in. Flashem i Javą.