Program PROTONET został skompilowany i uruchomiony pod systemem Linux -- dystrybucja Red Hat 5.2 oraz Mandrake 6.0. Istnieje możliwość kompilacji i uruchomienia programu pod innymi systemami UNIX. W systemie musi być zainstalowane środowisko graficzne X-Window, kompilator g++ GNU (nowsza wersja 2.95.* lub starsza egcs 1.0.*) oraz biblioteka Qt. Do poprawnej kompilacji potrzebny będzie również pakiet narzędziowy tmake.
Opisując sposób kompilacji i instalacji programu PROTONET, zakładamy istnienie katalogu protonet wraz z podkatalogami opisanymi w dodatku A w dowolnym miejscu systemu plików. Instalacja nie wymaga praw nadzorcy systemu tzn. program można skompilować i zainstalować w katalogu domowym użytkownika. W katalogu src znajduje się plik projektu aplikacji (protonet.prj) używany do wygenerowania pliku Makefile za pomocą programu tmake. Przechodzimy do katalogu src i wpisujemy polecenie tmake -o Makefile protonet.prj, które tworzy plik Makefile. W tym samym katalogu wydajemy polecenie make rozpoczynające kompilację źródeł programu PROTONET. Po pomyślnym zakończeniu kompilacji, w katalogu src zostanie utworzony plik wykonywalny protonet. Będąc w katalogu src uruchamiamy skrypt powłoki instaluj, który kopiuje aplikację wraz z niezbędnymi plikami do odpowiednich podkatalogów katalogu protonet. Od tego momentu mamy poprawnie zainstalowaną aplikację PROTONET. Plik wykonywalny znajduje się w podkatalogu bin. Po instalacji możemy wykonać polecenie make clean w katalogu src, co spowoduje usunięcie plików pośrednich stworzonych podczas kompilacji programu.
Przy pierwszym uruchomieniu aplikacji PROTONET należy ustawić w konfiguracji ogólnej pełną ścieżkę do katalogu, gdzie znajdują się pliki systemu pomocy. Będzie to ścieżka bezwzględna do podkatalogu help.