Aplikacje na kartę Cyberflex pisze się w języku Java. Nie można jednak wykorzystać wszystkich elementów tego języka. W szczególności Cyberflex nie pozwala na używanie:
Skompilowaną do kodu pośredniego aplikację umieszcza się w pamięci karty jako obiekt w systemie plików. Aby aplikację uruchomić należy stworzyć jej instancję. I tu uwaga: instancja nie jest tworzona w pamięci operacyjnej, lecz w pamięci nieulotnej, w systemie plików. Dzięki temu instancja naszej aplikacji pozostaje na karcie, po odłączeniu zasilania, w niezmienionym stanie (w szczególności wartości zmiennych pozostają niezmienione). Obszar pamięci dynamicznej przydzielany instancji naszego programu jest obiektem w systemie plików. Aby uniknąć fragmentacji systemu plików, wszystkie obiekty tworzone dynamicznie przez aplikacje powinny być utworzone w jej konstruktorze, a usuwane wraz z nią. Przy takim ograniczeniu nie dziwi fakt, iż na karcie Cyberflex nie zaimplementowano automatycznego odśmiecania pamięci.