Wśród logicznych błędów na dysku, czy też mówiąc inaczej - niespójności metadanych systemu plików z właściwą zawartością dysku, możemy wyróżnić kilka najpopularniejszych:
skrzyżowane pliki - sytuacja ta występuje wówczas, gdy dwie (lub więcej) struktury opisujące pliki twierdzą, że dany klaster (blok) należą do danego pliku
zagubione klastry (bloki) - mamy z nimi do czynienia wówczas, gdy pomimo, że w odpowiednich bitmapach dane miejsce jest uznane za zajęte, to żadna struktura opisująca plik nie odwołuje się do tego miejsca.
nieprawidłowe wartości liczników odwołań - występujące gdy wartość licznika jest różna od rzeczywistej liczby odwołań do danego pliku; wartość ta może być zarówno zbyt duża, jak i zbyt mała, co może powodować później dalsze błędy logiczne
pliki do których nie ma dostępu - występują gdy na dysku znajdują się w pełni poprawne struktury opisujące pliki, jednak ponieważ w żadnym katalogu nie znajdują się wpisy odnoszące się do tych plików, to nie mamy do nich dostępu
błędne rozmiary plików - sytuacja ma miejsce, gdy rozmiar pliku przechowywany w strukturach jest niezgodny z wielkością danych należących do pliku. Może to skutkować w "obcięciu" zawartości plików lub pozostawieniu bezsensownych bajtów na końcu pliku, co w przypadku wielu formatów może utrudnić lub wręcz uniemożliwić ich odczyt
wszelkie inne niespójności metadanych - są to wszelkie inne błędy, z których część może zależeć od konkretnego systemu plików i reprezentacji metadanych przez niego przyjętych - mogą to być wszelkiego rodzaju błędne atrybuty, błędne czasy dostępu, etc.