Zauważmy, że wprowadzenie kronikowania do systemu plików, poza problemami natury wydajnościowej niesie ze sobą dodatkowe problemy koncepcyjne, związane z semantyką operacji wykonywanych na plikach.
Istnieją teraz pewne operacje, które należy wykonywać ze szczególną dozą ostrożności tak, aby nie doprowadziły one do rozspójnienia systemu. Rozważmy następujące przykłady:
usuwanie pliku otwartego przez pewien proces - gdy licznik dowiązań do danego pliku spadnie do zera jest on usuwany, jednak jeśli jest on nadal otwarty przez jakiś proces, samo usunięcie jest odkładane do czasu, kiedy zostanie on zamknięty. W przypadku systemu plików z kroniką sytuacja ta jest bardziej skomplikowana, gdyż muszą one gwarantować, że przywrócenie spójności będzie wymagać co najwyżej odtworzenia dziennika. Aby poradzić sobie z tą sytuacją system plików musi już na początku zapisać do dziennika rekord informący o operacji usuwania tego pliku, lecz samą operację może wykonać dopiero (tak jak zwykły system) po zamknięciu tego pliku i dopiero wtedy będzie mógł zatwierdzić tę transakcję.
przeplot operacji usuwania pliku i tworzenia nowego - przykład znów dotyczy usuwania pliku, jednak innego jej aspektu, jak już wcześniej uzasadnialiśmy operacja usuwania pliku składa się z kilku podoperacji, z czego jedną z nich może być (w przypadku systemu Linux) ustawienie w odpowiedniej bitmapie, że dany i-węzeł jest wolny. W przypadku systemów plików z kroniką, które operują transakcjami, muszą one dodatkowo zadbać, żeby żadne inne operacje na tym i-węźle nie mogły zostać zatwierdzone, zanim nie zostanie zatwierdzona transakcja usuwania. Łatwo sobie wyobrazić, co się może stać, gdy zostanie rozpoczęta transakcja usuwania, oraz w cache'u zostanie zmodyfikowana bitmapa i-węzłów, następnie dochodzi do rozpoczęcia i zatwierdzenia transakcji tworzącej nowy plik (pechowo korzystająca z tego samego i-węzła), po czym następuje awaria systemu przed zatwierdzeniem pierwszej transakcji. Podczas przywracania dziennika przy starcie systemu nowoutworzony plik zostanie usunięty poprzez ponowienie niezatwierdzonej transakcji.
Drugi z tych przykładów tak na prawdę symbolizuje szersze wymagania odnośnie poleceń ponawiania i wycofania, zapisanych w dzienniku systemu plików. Mianowicie muszą one mieć taką postać, aby gwarantowały, że ponowienie wykonanych (ale nie zatwierdzonych) operacji lub wycofanie niewykonanych operacji nie prowadziło do powstawania niespójności.