Jednym z największych mankamentów ustawy jest art. 48 mówiący, że za przechowywanie lub kopiowanie danych służących do składania bezpiecznego podpisu lub poświadczenia elektronicznego grozi kara grzywny lub pozbawienia wolności do lat 3 lub obie te kary łącznie. Natomiast bez tych danych niemożliwe jest świadczenie usług certyfikacyjnych. Ten artykuł został zaskarżony do Trybunału Konstytucyjnego.
Do ustawy wydano rozporządzenie (Dz.U. z dn. 15 listopada 2001 r., nr 130, poz. 1450). Wraz z załącznikami określa ono szczegółowo wiele aspektów technicznych. Jednym z wymogów jest to, by funkcje tworzące dane służące do składania lub weryfikacji bezpiecznego podpisu elektronicznego używały jako argumentu ciągu losowego pochodzącego ze źródła generującego ciąg losowy w oparciu o zjawisko fizyczne. To wymaganie, mimo iż poprawia znacząco poziom bezpieczeństwa, wymusza jednak by klucze prywatne zwykłych użytkowników systemu były tworzone po stronie instytucji certyfikującej. Tego wymogu w odniesieniu do kluczy użytkowników systemu nie mogłem spełnić z przyczyn technicznych. Inna sytuacja jest z parametrami funkcji, które różnią sie dla każdego użycia funkcji; mogą one być tworzone przy użyciu procedur programowych. Przepisy wykonawcze określają też między innymi parametry algorytmów sprawdzających prawdopodobieństwo błędnej odpowiedzi w testach badających pierwszość liczb. Została ona określona na Taka też jest wartość parametru w używaneym przezemnie teście Millera-Rabina (patrz rozdział 5.3).