Po zbudowaniu topologii sieci i konfiguracji jej elementów składowych możemy przejść do drugiej fazy pracy z projektem. Symulację działania protokołów z rodziny TCP/IP możemy rozpocząć po przejściu w tryb symulacji. Najpierw decydujemy jakie elementy sieci mamy zamiar obserwować. Oglądanie zdarzeń zachodzących w sieci umożliwiają nam okna podglądu. Podstawowym oknem podglądu, aczkolwiek nie związanym z żadnym elementem topologii sieci, jest okno podglądu nadzorcy symulacji. Umożliwia ono kontrolę czasu oraz obserwację zdarzeń zachodzących w systemie podczas symulacji.
W trybie symulacji naciśnięcie prawego przycisku myszy na elemencie sieci powoduje wyświetlenie menu kontekstowego z poleceniami, które są możliwe do wykonania na tym elemencie w trakcie symulacji. Poniżej znajduje się opis tych poleceń w podziale na elementy sieciowe:
Po wyświetleniu odpowiednich okien podglądu możemy je skonfigurować, co jest szczegółowo opisane w następnym punkcie. W każdej chwili możemy przejść z powrotem do trybu konstrukcji. Ponieważ podczas przechodzenia z trybu symulacji do trybu konstrukcji zamykane są wszystkie okna podglądu i jest natychmiast przerywana symulacja, dla bezpieczeństwa musimy potwierdzić zamiar opuszczenia trwającej symulacji. Zapobiega to omyłkowemu wydaniu polecenia zmiany trybu pracy.