Program PROTONET umożliwia tworzenie niemal dowolnie złożonych topologii sieciowych. Umożliwia to konstrukcję coraz bardziej złożonych topologii (z większą liczbą ruterów i podsieci oraz większą liczbą możliwych dróg pomiędzy dwoma podsieciami) w celu treningu konfiguracji tablic rutingu. Można także próbować symulować optymalizację konfiguracji poprzez nadawanie różnych czasów przesyłania kablom i próby takiego skonfigurowania systemu, aby komunikacja pomiędzy dwoma dowolnymi punktami odbywała się w najkrótszym czasie.
Program PROTONET daje możliwość osobie nauczającej tworzenia topologii i jej ewentualnej konfiguracji pod kątem oczekiwanych efektów dydaktycznych. Konfiguracja może być dostarczona wraz topologią lub może stanowić zadanie dla studentów korzystających z pakietu. Wydaje nam się, iż kolejność w jakiej omawialiśmy przykłady jest dobrą kolejnością wprowadzania zagadnień z zakresu protokołów ARP, IP i ICMP.